Кроз еволуцију биљке и животиње су развиле одбрамбене механизме, укључујући хемијске репеленте и токсине, против нападачких организама. Заузврат, организми који нападају развили су механизме који им омогућавају да детоксикују или се на други начин одупру одбрамбеним хемикалијама својих домаћина. Стога се чини да већина врста штеточина већ садржи гене који им омогућавају да ензимски разграђују или на други начин заобиђу токсичне ефекте многих врста хемикалија које су развијене као савремени пестициди. Отпорност на пестициде је, дакле, генетски заснована појава и јавља се када се пестицид користи на популацији која садржи неке појединце генетски предиспониране да буду отпорне на тај пестицид. Поновљене примене и веће стопе третмана ће убити све већи број штеточина, али отпорни преживели ће пренети гене отпорности на следећу генерацију. Уколико се не користи другачији режим третмана, популација ће садржавати све већи број отпорних штеточина и тамо где су стопе репродукције високе, нпр. код инсеката, цела популација ће брзо постати отпорна.
Када штеточина развије отпорност на одређени пестицид, неопходно је имати друге начине за сузбијање. Једна метода је употреба другог пестицида, посебно оног у другој хемијској класи који има другачији начин деловања против штеточина. Мора се, међутим, водити рачуна да се вишеструка резистенција, односно отпорност на више класа пестицида, не унесе у популацију. Најбоља стратегија је да се избегне стварање отпорне популације и за то су развијене различите процедуре. Препоручене су различите стратегије управљања како би се избегло стварање отпорних популација услед употребе пестицида. Америчка ЕПА и канадска ПМРА израдили су добровољну шему обележавања, заједно са препорукама за избегавање отпорности, давање начина деловања и информација о циљној локацији корисницима.